Я не думаю, что нотариус будет подставляться и оставлять себе сумму госпошлины. Их же проверяют госорганы. А об уплате госпошлины нотариус должен удостовериться до заверения сделки. То есть если госпошлина не будет уплачена, то нотариус не имеет права заверить договор. А раз договор заверен, значит нотариус уверен в том что госпошлина в бюджет уплачена. Разве что можно у нотариуса попросить выслать потом копию квитанции об уплате. Не думаю, что откажет.